كيف يتم حساب درجة المحاذاة؟

2024 مؤلف: Miles Stephen | [email protected]. آخر تعديل: 2023-12-15 23:33

ال نتيجة من انتقام ، س، محسوب كمجموع الاستبدال والفجوة درجات . الاستبدال درجات يتم تقديمها من خلال جدول بحث (انظر PAM ، BLOSUM). الفارق درجات عادة محسوب كمجموع G ، عقوبة الفتح و L ، عقوبة تمديد الفجوة. بالنسبة لفجوة الطول n ، ستكون تكلفة الفجوة G + Ln.

وفقًا لذلك ، ما هي درجة المحاذاة؟

أفضل انتقام و نتيجة المحاذاة الأمثل انتقام هو انتقام إعطاء أعلى نتيجة ، و نتيجة المحاذاة هذا هو الأعلى نتيجة . هذا هو نتيجة المحاذاة من X و Y = نتيجة من X و Y تحت المستوى الأمثل انتقام . على سبيل المثال ، ملف نتيجة المحاذاة من X و Y التالية هي 36.

بجانب ما سبق ، كيف تعمل محاذاة التسلسل؟ في المعلوماتية الحيوية ، أ محاذاة التسلسل هي طريقة لترتيب التسلسلات من الحمض النووي أو الحمض النووي الريبي أو البروتين لتحديد مناطق التشابه التي قد تكون نتيجة للعلاقات الوظيفية أو الهيكلية أو التطورية بين التسلسلات.

من هنا ، ما هي النتيجة في المعلوماتية الحيوية؟

في سياق محاذاة التسلسل ، أ نتيجة هي قيمة عددية تصف الجودة الإجمالية للمحاذاة. الأرقام الأكبر تتوافق مع تشابه أعلى. ال نتيجة مقياس يعتمد على التهديف النظام المستخدم (مصفوفة الاستبدال ، عقوبة الفجوة).

ما هي المحاذاة المثلى في محاذاة التسلسل؟

ال المحاذاة المثلى من اثنين من البروتين التسلسلات هل انتقام يزيد مجموع نقاط الزوج إلى الحد الأقصى دون أي عقوبة على الفجوات المقدمة. تسمح البرمجة الديناميكية لـ المحاذاة المثلى من اثنان التسلسلات يمكن العثور عليها بترتيب mnsteps ، حيث m و n هما أطوال التسلسلات.