كيف يتم تجميع contigs في سقالات؟

2024 مؤلف: Miles Stephen | [email protected]. آخر تعديل: 2023-12-15 23:33

عند إنشاء مسودة الجينوم ، تكون القراءات الفردية للحمض النووي أولًا مجمعة في contigs ، والتي ، بحكم طبيعتها المجسم ، توجد فجوات بينهما. الخطوة التالية هي إلى ثم سد الفجوات بين هذه contigs ل إنشاء سقالة . يمكن القيام بذلك باستخدام إما رسم الخرائط البصرية أو تسلسل زوج الشريك.

وبالمثل ، قد تسأل ، ما هي contigs والسقالات؟

أ سقالة هو جزء من تسلسل الجينوم المعاد بناؤه من استنساخ بندقية الجينوم الكامل المتسلسلة النهائية. سقالات وتتكون من contigs والثغرات. أ كونتيج هو طول متجاور من التسلسل الجيني الذي يُعرف فيه ترتيب القواعد بمستوى ثقة مرتفع. في بعض الحالات، سقالات يمكن أن تتداخل.

أيضا ، ما هو contigs في المعلوماتية الحيوية؟ أ كونتيج (من المتجاورة) عبارة عن مجموعة من مقاطع الحمض النووي المتداخلة التي تمثل معًا منطقة إجماع من الحمض النووي. كونتيجس وبالتالي يمكن أن يشير إلى كل من تسلسل الحمض النووي المتداخل وإلى الأجزاء المادية المتداخلة (الأجزاء) الموجودة في الحيوانات المستنسخة اعتمادًا على السياق.

في هذا الصدد ، كيف يتم تجميع contigs؟

تُعرف مجموعة تسلسل الحمض النووي المتداخل لشظايا الحمض النووي باسم a كونتيج . كونتيج رسم الخرائط هو عملية يتم من خلالها تداخل النسخ مجمعة لتسلسل هذا التداخل. هذا ينطوي على ترتيب contigs بالترتيب والتوجيه. استنساخ contigs يمكن أن يكون تلقائيا مجمعة باستخدام متواليات نهاية BAC الخاصة بهم.

لماذا تعتبر contigs مهمة؟

كونتيج التجمع هو الأهمية خطوة في تجميع الجينوم. لرسم الخرائط ، يتم تجميع الحيوانات المستنسخة المتداخلة لتسلسل يتداخل. يتم استنساخ كل جزء في متجه وتسلسله من كلا الطرفين لإنتاج طول تسلسل يبلغ حوالي 600-700 زوج قاعدي. يسمى التسلسل من طرفي جزء الحمض النووي بنهاية الزوج.